بسياری از تأليفات اصحاب اماميه، در گذشت زمان و به علل مختلف از بين رفته است، و امروزه از آنها جز اسمی بدست ما نرسيده است.
از دردناکترين بلايايی که بر سر اين تأليفات آمده، حمله سلجوفيان به بغداد و به آتش کشيدن کتاب های شيعی توسط آنهاست.
در اين باره عبارت ياقوت حموی را ملاحظه کنيد: «وبها كانت خزانة الكتب التي وقفها الوزير أبو نصر سابور بن أردشير وزير بهاء الدولة بن عضد الدولة ولم يكن في الدنيا أحسن كتباً منها، كانت كلّها بخطوط الأئمّة المعتبرة وأصولهم المحرّرة. وحيث كان الوزير سابور من أهل الفضل والأدب أخذ العلماء يهدون اليه مؤلّفاتهم فأصبحت مكتبته من أغنى دور الكتب ببغداد، وقد احترقت هذه المكتبة العظيمة فيما احترق من محال الكرخ عند مجي‏ء طغرل بيك‏ سنة 447هـ».¹ معجم البلدان: 1/534.
البته سوزاندن کتاب های شيعی به همين واقعه تمام نمی‌شود. نمونه هايی از اين کتاب سوزی را برای يادداشتی تحت عنوان «تاراج آتش» قلمی نموده‌ام. اگر خداوند توفيق دهد آن يادداشت را پس از تنظيم در همين صفحه منتشر می‌کنم؛ وما توفيقی الا بالله
در اين ميان ابن کثير، از سوزاندن کتب شيخ طوسی خبر می‌دهد و می‌نويسد: «وكبست دار أبي جعفر الطوسي متكلّم الشيعة، وأحرقت كتبه ومآثره ودفاتره التي كان يستعملها في ضلالته وبدعته! ويدعو إليها أهل ملّته ونحلته، ولله الحمد»!² البداية والنهاية: 12/90.
علامه حلی نيز عبارتی شبيه به اين را از حسن بن مهدي سليقي نقل می‌کند: «قال الحسن بن مهدي السليقي: تولّيت أنا و الشيخ أبو الحسن محمّد بن عبد الواحد العين زربي و الشيخ أبو الحسن اللؤلؤي غسله... و هاجر إلى مشهد أمير المؤمنين عليه السلام خوفاً من الفتن التي تجدّدت ببغداد و أحرقت‏ كتبه‏ و كرسي كان يجلس عليه للكلام. نک: رجال العلامة الحلي، ج3، ص322، رقم: 843.
عداوت و بغضی که در کلام اوست چيز غريبی است، اما نه شيخ طوسی، که فهرست آثارش را در ترجمه خود در کتاب فهرست آورده وآن را در نجف نيز تکميل نموده³ الفهرست، رقم: 714.، ونه ديگرانی که به زندگی او پرداخته‌اند و تأليفات او را شمار کرده‌اند⁴ برای نمونه نک: «حياة الشيخ الطوسي» به قلم مرحوم آقا بزرگ تهرانی (رحمه الله) در مقدّمه تفسير تبيان. ونيز «شخصيت علمی و مشايخ شيخ طوسی» به قلم مرحوم سيّد عبد العزيز طباطبائی (رحمه الله) منتشر شده در كتاب ميراث إسلامی إيران، و ترجمه‌اش در مقدّمه الفهرست: 16ـ28.، هيچ يک از تأليفی که اين گونه نابود شده باشد سخنی نگفته‌اند.
برخی از تأليفات شيخ طوسی (همانند بسياری ديگر از آثار بزرگان شيعه، و چه بسا اوضاع شيخ بهتر از ديگران باشد) امروزه به دست ما نرسيده است، اما در هيچ گزارشی، اين نقل ابن کثير تأييد نشده است.
به نظر می‌رسد اگر سخن ابن کثير درست باشد، تنها در مورد برخی از تأليفات شيخ باشد که قبل از سوزانده شدن، توسط مستنسخين، نسخه های متعدّد از آن تهيه شده است. و البته اين که تأليفات شيخ طوسی، نسخ متعدّدی داشته باشد، برای کسی که شيخ الطائفه است بسيار محتمل است؛ والعلم عند الله سبحانه وتعالی.